No fundo do oceano, ninguém ouvirá o seu grito! Em Captain Sonar, você e seus companheiros de equipe controlam um submarino e estão tentando localizar um submarino inimigo, a fim de destruí-lo antes que eles façam o mesmo com você. Cada papel é importante, e o confronto é implacável. Seja organizado e comunicativo, porque um capitão não é nada sem sua tripulação: o Imediato, o Operador de Rádio e o Engenheiro. Todos os membros de uma equipe sentam-se em um lado da mesa, e cada um deles assume um papel especial no submarino, com a divisão do trabalho para essas funções, sendo dependente do número de jogadores no jogo: um jogador pode ser o capitão, que é responsável por mover o submarino e anunciar alguns detalhes deste movimento; outro jogador está equipando o sonar, a fim de ouvir as ordens do capitão adversário, e tentar decifrar onde esse submarino possa estar na água; um terceiro jogador pode estar trabalhando na sala de munições para preparar torpedos, minas e outros dispositivos que permitam o combate. Captain Sonar pode ser jogado em dois modos: turno a turno ou simultâneo. No último setup, todos os membros de uma equipe fazem suas ações simultaneamente, ao tentar controlar o que os adversários estão fazendo também. Quando um capitão está pronto para lançar um ataque, a ação faz uma pausa por um momento para ver se um dano foi concedido. Vários mapas estão incluídos com diferentes níveis de dificuldade.